Пороки развития трахеи, вызывающие ее полную или частичную обструкцию, включают атрезию, стеноз и трахеомаляцию. Дряблость, уплощение стенок трахеи, изменения хрящей бывают при таких хондродистрофиях, как синдромы камптомелии (несгибание конечностей) и Эллиса-Ван-Кревельда. Аномально расположенные сосуды грудной полости могут сдавливать трахею, вызывая стридор и повторные воспалительные процессы. Говоря об аномалии сосудов, следует назвать удвоение дуги аорты, правостороннее положение дуги аорты, неправильное развитие артериального протока, левой общей сонной артерии и левой легочной артерии. Известны случаи, когда обструкция трахеи была следствием врожденного зоба, гигромы.